In Star Trek: Fleet Captains actiunea este plasata in "Prime Universe". Fiecare jucator porneste la lupta cu o flota pe care o conduce prin tinuturi neexplorate. Acestea sunt reprezentate prin carti hexagonale (amestecate in prealabil si pozitionate cu fata in jos intr-un pattern predeterminat).

Pe masura ce fiecare vapor inainteaza in respectivele tinuturi, jucatorii intorc tile-urile cu fata in sus, aratand astfel in ce parte a sectorului se afla (Class-M planet, Class-J Nebula,  etc...).

Cu putin noroc vei descoperi si obtine resurse de care adversarii tai nu se vor putea folosi, iti vei invinge oponentii in lupta si vei obtine suprematia in tinuturile mult ravnite.

Fiecare nava va fi pe o baza rotunda cu 'dial' si va avea o carte. Pe carte vei gasi 3 statusuri diferite pentru fiecare nava: normal operating, Yellow Alert si Red Alert. Fiecare status va afecta modul de joc.